功能性腹痛综合征患者从儿童期开始，就会有持续性疼痛感觉或者反复发作，这种持续性腹痛与进食或者排便无关。疼痛的部位比较广泛，而且定位不明确。患者习惯用手保护腹部，表现出腹痛很严重或不愿意触碰或者不愿意让医生检查腹部，甚至因为恐惧而闭眼。患者在陈述病史时，往往对腹痛描述得非常形象，但体格检查时却不能明确指出腹痛最剧烈的部分在哪。大部分患者都伴有心理障碍，表现为焦虑或者抑郁，疾病时好时坏经常反复发作，可能严重影响患者生活质量。本病持续时间较长，通常治疗后预后良好。