急性肾盂肾炎治疗不彻底，约有一半以上的患者会演变成慢性肾盂肾炎。而反复发作的肾盂肾炎会造成肾外形凹凸不平，双肾大小不一，肾盂、肾盏变形缩窄，持续性肾小管功能损害，甚至发展为慢性肾功能衰竭。急性肾盂肾炎，特别是合并糖尿病、尿路结石、尿路梗阻，会导致病情发展严重，出现肾乳头坏死，表现为寒战、高热、剧烈腰痛、腹痛、血尿等。当坏死组织脱出，从尿中排出堵塞输尿管时，可发生肾绞痛。严重的肾盂肾炎扩展为肾周围脓肿，病情较凶险，可发生高热甚至休克。