治疗传染性软疣通常需要破坏每个损害方能有效。通常可以通过冷冻刮匙器刮除或者电灼、激光或者腐蚀疗法去除软疣小体，泛发性传染性软疣亦可口服药物治疗。

1、局部治疗：

(1)刮匙器刮除：用刮匙从根部刮除疣体，然后再外涂2%的碘酒或百多邦软膏，并压迫止血；

(2)液氮冷冻：每次6-10秒，根据病情的需要可在3周内重复使用；

(3)电灼治疗：局部用电灼术祛除疣体；

(4)药膏外涂：如0.5%的鬼臼毒素乳膏、1%的西多福韦软膏、5%的咪喹莫特乳膏等；

2、口服药物治疗：包括西咪替丁、灰黄霉素。