皮脂腺囊肿一旦形成，通常难以自愈，但在形成初期囊肿较小，可通过个人面部清洁或护肤品的应用，溶解堵塞皮脂腺导管口的皮脂。但若皮脂腺囊肿较大，类似花生米大小，无法通过通畅导管的方法解决，此时需局部手术切除，且需将囊膜完整切除，不易复发。

如果皮下囊肿发生感染，不适合进行手术，需先控制感染，如已形成脓肿，要切开引流，待炎症完全消退后，再考虑手术治疗，因炎症时进行手术往往无法彻底清除，且易复发。如果怀疑皮脂腺囊肿发生恶变，应及早切除，经病理检查确诊，术后可辅助一定的局部放疗，达到根治效果。