舌根部的囊肿症状跟囊肿大小相关。早期囊肿如果体积较小，通常没有明显症状，多数患者是在做其他检查，例如核磁共振检查时发现的囊肿。随着囊肿不断扩大会出现相关临床症状，常见的是舌根部异物感，感觉有肿物凸起，影响吞咽。随着再次发展，会出现影响说话甚至影响呼吸的症状，早期影响说话称之为含橄榄音，就像嘴里含了东西说话的状况。随着囊肿进一步增大，会影响呼吸道和消化道上口，出现呼吸和吞咽功能障碍。

如果舌根部囊肿没有明显炎症，只是肿物凸出，会引起梗塞和阻塞症状。如果囊肿在继发感染后，会出现局部肿胀、疼痛症状，通常会明显影响吞咽、影响说话。对于舌根部囊肿，一经发现，要通过彩超、核磁等方法明确范围、大小、与重要神经血管的关系，通常建议通过手术方法予以切除。手术入路选择，要结合囊肿部位和囊肿大小。舌根部囊肿位置较深，做手术时候存在一定难度和风险。