手术原理设计表示全飞秒手术安全性和有效性优于半飞秒手术，但两种术式各有优缺点。全飞秒手术较小切口，通过全飞秒激光，将眼内角膜组织片取出，进而达到矫正近视效果，同时由于切口较小，角膜稳定性较好且对角膜损伤较小。半分秒手术是先用半飞秒激光在角膜表面切瓣，医生掀开瓣后进行常规激光切削角膜，由于瓣较大导致稳定性和对角膜损伤较大。
对于当兵人员或运动员进行全飞秒手术较安全，不会由于轻微外伤导致瓣脱落。对于普通人若无较多体育运动，也不从事危险职业，进行半飞秒手术后效果也较好，且性价比较高。因此，针对不同人群和经济条件，可选择不同术式进行治疗。
