肾囊肿手术与穿刺效果均可，但在穿刺以后需要用硬化剂类药物，而国内可以批准在人体用的硬化剂非常少，所以从效果或者治疗的合法性而言，多数情况下如果仅穿刺，不用硬化剂，效果不会太好，手术效果更好。不管是哪种情况下，穿刺效果都不如手术效果更直接，穿刺后复发可能性会更大。

但是因为部分患者身体耐受性差，可能体虚或者对手术比较抗拒，不接受手术，因为手术创伤比穿刺大，所以考虑到其他因素，部分患者也可以选择穿刺。但如果穿刺时没有用硬化剂以及后续治疗，则效果相对较差。