脑脊液的检查在神经科是较常用的一种辅助检查方法，一般通过腰椎穿刺获得脑脊液。腰椎穿刺的时候让患者去枕平卧，采用左侧卧位可以屈颈抱膝，然后常规消毒铺巾在腰4/5或者腰3/4进行穿刺，穿刺针垂直进入，有了突破感以后拔出针芯，一般可以流出清亮的脑脊液。进行穿刺时如果脑脊液流出以后，要先观察脑脊液外观是否清亮，一般正常脑脊液应该清亮。但如果是一种化脓性脑膜炎，脑脊液可能浑浊，结核性脑膜炎也可能有轻微浑浊，另外还要测量脑脊液压力，正常脑脊液压力是80-180mmH2O，如果压力过高常见于颅内感染或颅内压增高，除了以上还要留取脑脊液做相关检查，最常见的检查是脑脊液常规和生化检查。
常规主要是看脑脊液细胞总数和白细胞，白细胞增高常见炎症或感染性疾病，还要做生化。生化主要是糖、氯化物和蛋白，蛋白增高常见于感染或免疫相关疾病，除了常规生化还可以做免疫相关脑脊液检查，包括IgG24小时合成率、寡克隆带，这些异常往往提示中枢神经系统或者周围神经系统存在免疫异常，总之脑脊液的检查是神经科比较常见的常用的辅助检查。