与人工流产相比，药物流产对女性的身体并没有特别明显的危害。由于药物流产本身的成功率不是很高，大概70%。如果药物流产不干净，胚胎没有完全排出子宫外或卡在子宫宫口或部分排出，这三种情况都会造成女性阴道流血增多，而且可能伴发剧烈腹痛，阴道流血增多可能止不住，比平常的月经量还要多，这时候只能马上进行清宫手术。因为临时手术很难预约到无痛麻醉，需要在有痛的情况下清除胚胎的残留物，这是药物流产最大的危害。大部分药物流产是可以将胚胎清除干净的。