经颅磁刺激仪在康复治疗中是一个非常有效的新技术，作为神经康复的有效治疗方法，经颅磁刺激仪是目前康复医学研究和应用的热点问题之一，为脑功能障碍的患者探索出非常有价值的物理治疗的新思路，更成为本世纪神经康复的新突破。经颅磁刺激仪作为一种无痛、无创、操作安全、可靠方便的新型技术，可以改善卒中患者运动功能的障碍、失语或认知功能障碍、偏瘫侧忽略、脊髓损伤、帕金森症、抑郁症等多种问题。在精神心理方面，经颅磁刺激仪对抑郁症、精神分裂症、强迫症、狂躁症、焦虑症、创伤后应激障碍有一定的治疗效果，特别对小儿脑瘫、孤独症、癫痫、注意力缺陷等多动症也有一定的作用。