衣原体隶属于衣原体科，有六个种：包括沙眼衣原体、肺炎衣原体、鹦鹉热衣原体、鼠衣原体、猪衣原体以及家畜衣原体。其中沙眼衣原体和肺炎衣原体，常被临床所检测。衣原体的临床意义为：目前沙眼衣原体共有18个血清型，血清型A、B、Ba和C来自于沙眼患者的病人，沙眼衣原体血清D-K，包括Da、Ia和变异的Ja均与生殖道疾病有关；沙眼衣原体血清型L1、L2、L2a和L3可导致性病淋巴肉芽肿；肺炎衣原体可引起鼻窦炎、咽喉炎、支气管炎以及肺炎等在内的上呼吸道及下呼吸道感染，在成人及儿童社区获得性肺炎的病原体中占10%-15%；人体感染鹦鹉热衣原体可表现为严重的慢性肺炎，典型症状包括发热、寒战、肌肉痛、剧烈头痛、肝脾及胃肠道症状等。