肉芽肿性乳腺炎主要治疗方法还是以手术治疗为主。在肉芽肿性乳腺炎早期肿块还没有破溃时，采取手术切除或者切除手术病灶区域，此为肉芽肿性乳腺炎效果较好的类型。有时候也可以先服用一段时间激素，将肿块缩小之后再进行手术治疗。但如果病情进展伴发细菌感染，如棒状细菌感染，则需要根据药敏试验结果来应用抗生素治疗。如果抗生素治疗无效就要考虑是否伴有其他病原菌感染，如结核杆菌、真菌，可换成抗分枝杆菌三联药物，或者利奈唑胺等治疗。如果是难治性肉芽肿性的乳腺炎，对类固醇激素治疗无效，则可选择免疫抑制剂，如甲氨蝶呤等。