所谓低位复杂性肛瘘是指一条或多条瘘道，但是位置又没有穿过括约肌深层以上部分肌肉，叫低位复杂性瘘道。因为瘘道往往不是一个，所以治疗起来也是有选择的。低位复杂性瘘道必须通过手术才能根治。一般做手术的要点是要先处理掉最初的感染内口，即感染的来源必须去除掉，然后瘘道达到敞开的目的，因为它是低位的，肌肉损伤不会引起括约功能变化，所以相对来说好一点。低位复杂性肛瘘还要找清所有瘘道的走行，另外辨别它的来源是统一的一个腺体，还是分别不同的内口。如果是分别不同的内口要分别处理，这样才能达到低位复杂性肛瘘一次性治愈的目的。