从近期不良反应来看，粪菌移植相对比较安全，一般情况下有些病人做完之后有可能会出现一过性发热、腹痛、腹泻等，但是这些症状一般情况下在24小时之内可以自行缓解，并不需要特别的医学措施干预。

但是从长期的、远期的不良反应来看，因为粪菌移植也是这五年新兴的一项技术，所以暂时国内外还没有长期的统计学数据，特别是针对十年以上的长期不良反应，暂时没有这方面数据。