衣原体和支原体均属于致病微生物，加起来有数百种，但真正能引起人类发病的不多。衣原体里主要有沙眼衣原体，沙眼衣原体有几个变种，包括肺炎衣原体、鹦鹉热衣原体沙眼衣原体可引起沙眼，沙眼衣原体变种可引起生殖道感染。

肺炎衣原体主要引起肺炎，鹦鹉热衣原体也主要引起肺炎。支原体里致病最多的是肺炎支原体、生殖支原体，这两类感染在临床上引起沙眼和肺炎。支原体可引起生殖道感染，非淋菌性尿道炎的主要病原体即支原体。