肛周囊肿可能来自于肛周的皮脂腺囊肿或肛周脓肿等，皮脂腺囊肿与毛囊和粉刺有密切的关系，一般是皮脂腺在毛囊内的聚集形成的局部囊肿。对于囊肿，一般如果没有明显的感染，可以不予处理，治疗囊肿可以用手术的方式将其切除。肛周脓肿如果仅发生于表浅的软组织，在出现波动后可以及时切开引流，控制感染。

如果肛周脓肿与肛瘘相关，囊肿大多迁延不愈、反复发作。一旦出现脓肿，要注意探查是否和肛瘘疾病相关。如果是肛瘘，要将瘘管完整切开，使新生的肉芽组织由内向外的生长，随着肛瘘的愈合，肛周脓肿会彻底痊愈。出现肛周疾病的时候，一定要注意控制饮食，如痔疮、肛裂、肛瘘等，要保持大便通畅，并减少刺激性食物的摄入。对于缓解肛周疾病，减轻肛周疾病的症状尤其重要。