巧克力囊肿存在一定癌变几率。虽然大部分巧克力囊肿均属于良性疾病，但目前发现大概有1%巧克力囊肿可能发生癌变，且因为巧克力囊肿大部分表现为卵巢包块，大部分患者可能均依靠B超进行确诊。

巧克力囊肿患者肿瘤标志物C115也会呈现一定不同程度地升高，若通过非手术途径，如B超、核磁共振、肿瘤标志物等进行确诊均有一定难度，辨识性较差，还需通过手术获取更准确结果，即通过微创手术将囊肿剥出再送病检，从而确诊囊肿属于良性或恶性。

部分患者可能不是恶变，而属于介于良恶性之间、交界性的改变，这种诊断更困难，更需通过手术将病灶取下后，才能够进一步判断。所以巧克力囊肿，总体而言大部分是良性改变，但临床上还是存在少数患者出现癌变的情况。