飞秒激光手术过程都是使用飞秒操作，半飞秒手术是通过飞秒激光和准分子激光两种激光结合进行手术操作。飞秒激光属于板层的角膜手术，不制作角膜瓣，直接通过飞秒激光，在角膜基质层做一个镜片，然后通过一个小切口把镜片取出，改变角膜的屈光状态。
半飞秒手术需要制作角膜瓣，通过飞秒激光制作角膜瓣后，再通过准分子激光在瓣下进行磨削，从而形成镜片，改变角膜的屈光状态。飞秒激光因为没有角膜瓣，所以不会发生瓣的复位不良、瓣下混浊、瓣下感染。
半飞秒激光手术仍然存在瓣下感染、混浊，以及瓣复位不良的可能，飞秒激光手术一般不适合进行二次手术，半飞秒激光可以进行二次切削。此外，因为飞秒激光不制作角膜瓣，这样对角膜神经末梢损伤比较少，干眼的发生率比较低，半飞秒激光手术干眼发生率更高。
