现在医疗条件和医疗技术高，目前新生儿肺炎治愈率较高，约90%以上可以治愈。但极少数遗传代谢性疾病、免疫功能低下的患儿治疗相对困难，治疗周期较长，且易发生呼吸衰竭、心力衰竭等并发症。

此外，新生儿肺炎的病原体也与治愈的概率有管，如果病原体毒力强，或者进入体内的细菌数量多，都会使治疗较为困难。如果是重症的新生儿肺炎通常要综合治疗，包括抗感染、气道管理、吸痰、拍背、中医治疗等。但总体而言，新生儿肺炎治愈率较高。