过氧化氢在医学上主要是作为消毒杀菌剂。过氧化氢水溶液也叫做双氧水，具有消毒杀菌的功效。过氧化氢在发挥作用时，主要是分子中释放出新生态的氧，可作用于病原菌，使病原菌发生氧化反应，干扰病原菌的代谢过程，起到抗菌消毒作用。

过氧化氢对多种病原菌都有杀灭的作用，如球菌、杆菌、真菌，都有抗菌的活性。过氧化氢的水溶液在局部应用时会产生一定泡沫，有利于清除创面的坏死组织、血肿，基于药理作用，过氧化氢在临床上主要用于清洁伤口。

在使用过氧化氢时，一定要注意浓度，过氧化氢分为医用和工业使用，一定要使用医用规格。