激光点痣原理为利用激光的高能量、高温将痣细胞直接清化，即烧掉。激光有精准的脉宽，当脉宽窄到一定程度下，作用的热仅局限在痣细胞处，对周围健康组织没有明显作用，从而达到选择性的破坏效果，并不遗留坑和疤。

激光祛痣并不能1次完全祛除，由于痣的深浅不同，如表皮痣、真皮痣、交界痣，如果激光1次完全祛除，则可能对皮肤基底层造成损伤，同时在伤口愈合后遗留瘢痕。为减少瘢痕形成，通常祛痣只祛到皮肤真皮深层，在即祛痣又不留痕的情况下，多次将痣细胞祛除干净。由于皮肤的汗腺毛囊中有黑色素细胞迁移，从而容易造成复发痣，因此痣复发后，可再次进行激光祛除。