患者误将扁桃体结石吞咽，无需过于担心，也不需要进行处理。少量结石进入胃内，不会引起明显胃部不适或胃部炎症等，可能经过一段时间后会随粪便排出。但如果患者常将扁桃体结石吞咽到胃内，可能会将扁桃体炎症带入食道或胃内，引起食管炎或胃炎。

因此，患者应尽量减少结石产生，可应用漱口液漱口并锻炼身体，减少扁桃体炎发作。通过上述简单方法无法改善症状时，建议尽快将扁桃体切除，从根本上解决结石情况。扁桃体切除后对于机体抵抗力，尤其是成人抵抗力不会产生较大影响，因成人扁桃体免疫功能基本不存在。