孕早期空腹血糖值为5.9mmol/L，不会因为血糖高导致的胎儿畸形。因为胎儿畸形通常发生在妊娠最初的3个月以内，此时孕妇通常可出现血糖水平较以前略有下降的现象。

如果孕妇在怀孕前患有糖尿病，血糖值大于7.1mmol/L，此类孕妇通常建议控制空腹血糖在3.3-5.6 mmol/L。如果血糖控制较差，胎儿畸形的发生率可以增加7-10倍。

因此，对于孕前糖尿病的患者，需要将血糖控制在合理范围内，避免出现胎儿畸形的可能。同时，血糖高是造成早期流产、胎停育的重要原因。