对于附睾炎，首先要针对炎症的类型进行分类。常见附睾炎多由于普通细菌感染导致，而部分附睾炎是由于尿道细菌逆行感染引起，并通过前列腺、精囊、射精管引起附睾感染。对于这种附睾炎症，需要针对性采用对革兰氏阴性杆菌敏感的药物，比如左氧氟沙星以及头孢类药物进行治疗。对于特殊感染所引起的附睾炎，比如非淋性尿道炎引起的附睾炎，这种情况下就需要口服对支原体、衣原体敏感的抗生素。
另外，对于结核引起的附睾炎，需要应用常规抗结核的三联或四联药物进行治疗。而除了抗生素的治疗之外，对于诱发附睾炎的因素，比如后尿道排尿压力过高，可能还会通过应用α受体阻滞剂缓解排尿时后尿道的压力。
