整蛋白型肠内营养剂和短肽型肠内营养剂的主要区别，是氮源不同和适应的人群不同。
短肽型肠内营养剂氮源是以氨基酸，和短肽型存在。整蛋白型肠内营养剂氮源是以整蛋白型存在。常见的整蛋白有乳清蛋白、酪蛋白、大豆蛋白，这类制剂主要是需要患者的胃肠道功能正常。短肽型肠内营养剂专门是为胃肠道功能障碍患者，或者难以吸收和消化整蛋白型配方患者设计。
短肽型肠内营养剂的优点是不需要消化，或者仅需要稍微消化，并且是无渣或者少渣的，但是口感差，渗透压高，容易产生渗透性的腹泻，没有或仅有轻度的刺激肠黏膜增殖的作用。平衡标准型整蛋白型配方制剂，适用于大部分的患者。按照是否由部分特定营养素成分，构成不同的肠内营养配方制剂。如果含有膳食纤维，比如是否含有一定的膳食纤维，是否含有一定的中链脂肪酸，有没有特殊的药理营养素、乳糖，以及不同的能量密度配方等。根据这些区别，适应证也不尽相同。
