腹泻治疗包括对因治疗和对症治疗两部分，婴儿腹泻原因分感染性腹泻和非感染性腹泻。感染性腹泻需要积极抗感染治疗，如侵袭性细菌性肠炎要及时应用抗生素。对于非侵袭性细菌性肠炎以及部分病毒性肠炎，一般不需要用抗生素。病毒性感染目前没有特效抗病毒药物，主要是对症治疗，如轮状病毒性肠炎可以通过接种疫苗来预防感染。腹泻宝宝要进行合理喂养、口服补液盐预防纠正脱水和电解质紊乱，严重脱水宝宝需要静脉补液。胃肠黏膜保护剂如蒙脱石散可以收敛止泻，口服益生菌可以调节肠道菌群、改善肠道功能。部分中成药如肠泰合剂、醒脾养儿颗粒、肠胃康等也有一定作用。
世界卫生组织建议急性腹泻患儿补充10-14天锌剂。消化酶如乳糖酶缺陷或者活性低导致乳糖不耐受引起腹泻，需要补充乳糖酶或者食用无乳糖奶粉。食物不耐受宝宝对牛奶蛋白、母乳中部分食物残存抗原片段过敏，母亲要适当饮食回避或者需要给予宝宝特殊配方奶粉如氨基酸奶粉、深度水解奶粉等。生理性腹泻宝宝4-6个月时需要及时添加辅食。
