阿米巴感染普通型起病比较缓慢，可伴有腹部不适、大便稀薄，有时会出现腹泻或便秘，腹泻时大便略有脓血，以及一些痢疾样表现。如果病变发展，痢疾样大便可增至每天10-15次甚至更多，还会伴有里急后重、腹痛加剧和腹胀，回盲肠、横结肠，尤其是直肠部位可出现压痛，有时类似溃疡病和阑尾炎，全身症状相对比较轻微。与细菌性痢疾截然不同，粪便中可有少量或大量滋养体，大便伴有腐败的腥臭味。

阿米巴病变部位分布，依次为盲肠、升结肠、肛门、直肠，还有阑尾以及回肠下段。滋养体可进入门脉血流在肝内形成脓肿，并且以栓子形式流入肺脏、脑、脾脏等组织和器官形成脓肿。阿米巴肝脓肿症状出现，通常在肠阿米巴数月或数年甚至数十年后，起病比较缓慢，以长期不规则发热及夜间盗汗等消耗症状为主，在发病前1周到数年内，会伴有反复腹泻的病史。