胆囊结石长在胆囊内部，会造成慢性胆囊炎症，表现为上腹部胀痛、厌油、消化不良等，通常不会影响肝功能。如果患者是胆囊结石伴急性胆囊炎或者亚急性胆囊炎，甚至胆囊壁增厚、胆囊壁水肿，则会影响患者肝功能。此时给予控制感染，对症治疗，肝功能很快会恢复。

如果胆囊结石在胆囊壶腹部造成压迫，压迫胆总管，甚至胆总管和胆囊管之间出现内瘘，或者胆囊结石脱落到胆总管内形成胆总管梗阻，也会影响到肝功能，患者需要等肝功能改善之后进一步治疗。胆囊结石掉落过程中形成胆总管结石，会诱发胰腺炎，通常不会引起肝功能异常。除非在这一区域堵牢，患者出现黄疸、发烧或感染严重时，肝功能会出现异常。