卵巢的巧克力囊肿(巧囊)与卵巢的多囊卵巢综合征(多囊)，是两种疾病，常见区别如下：

1、巧克力囊肿：主要是包块性质的疾病，即卵巢上生长的囊肿，由于囊肿当中充满液体，液体的性质如巧克力的颜色，是比较黏稠、陈旧的血液，因此称为巧囊。其是特殊类型的子宫内膜异位症，子宫内膜异位症的病灶生长到卵巢上。巧克力囊肿影响怀孕，但是不干扰内分泌和排卵，内分泌结果比较正常，巧克力囊肿的患者一般没有代谢的问题，也没有高雄激素或者高泌乳素的问题；

2、多囊卵巢综合征：是以排卵障碍、内分泌失调、高雄激素以及代谢问题为主要临床表现的疾病，多囊卵巢综合征的患者由于不排卵或者稀发排卵，因此也不容易怀孕。多囊卵巢综合征的患者通常在排卵障碍之外，还有一系列其他的问题，包括超重、肥胖、胰岛素抵抗、高血糖，甚至是高血脂等代谢问题。