由于技术的有限性，目前骨髓移植可能会对生育有影响，严重者可不育。但目前技术较为发达，包括女性可将卵巢组织冻存，骨髓移植后回输体内，可以满足女性骨髓移植后的性征发育及保证生育功能。

其它方面影响，如移植后排异反应、心理影响，需不停攻克难关以达最佳疗效。所以骨髓移植应做到精准诊断、预处理、用药、精准供者选择，将各方面把控好。