肾结石碎石对肾可能会造成轻微损伤，并不是完全无创，肾结石碎石通常分为以下几种方式：
1、体外碎石：又称为体外冲击波碎石，是将能量聚焦以后传输到体内，除了碎结石以外，周边的肾脏组织会受到不同程度的能量冲击，手术以后患者会出现血尿、疼痛等症状，一般不会过于严重，肾脏通过2-4周的时间能够基本修复，体外碎石需要要限制次数，一般需要控制在3次以内，过多次数频繁碎石可能导致肾脏血肿，甚至肾脏破裂等严重并发症；
2、体内碎石：又称为手术碎石，一般使用输尿管软镜或经皮肾镜进行操作。经皮肾镜需要在肾上打一个通道，对肾脏会造成一定损伤，软镜虽然对肾脏本身没有直接的创伤，但软镜可能造成激光的高温与碎石迸溅，也会导致轻微损伤。
碎石会对肾脏造成一定损伤，多数比较轻微，对于去除结石、缓解肾积水而言，上述的代价通常可以承受，通常利大于弊时才会进行手术。
