高位复杂性肛瘘属于肛瘘里比较复杂的类型，其是一种难治性疾病，术后复发率比较高。在手术之前要做术前检查，除术前常规检查如血常规、凝血、肝功、肾功等之外，还要排除其他疾病，比如血液系统疾病、炎症性肠病、克罗恩病、结核性肛瘘等。排除这些疾病以后还要对高位复杂性肛瘘进行专科检查，比如电子肠镜、直肠腔内超声、盆腔核磁共振，以明确高位复杂性肛瘘瘘管的走行、瘘管跨越肌肉的深度、瘘管的多少。所以在明确高位复杂性肛瘘瘘管的走形和跨越肌层之后，就可以进行手术。手术之前根据麻醉要求还要禁饮食，一般术前禁食4-6小时即可，然后再进行简单的清洁灌肠，就可以进行高位复杂性肛瘘手术。
