肠旋转不良会导致患者出现肠扭转及十二指肠梗阻等严重症状，所以一旦确诊为肠旋转不良，应及时开展手术治疗。在临床上发现较早的情况下，孩子在生后6个小时可能会出现大量便血、腹胀、呕吐的症状，急诊手术可能会发现肠扭转，可诊断为先天性肠旋转不良。

年龄较大的孩子通常不会发生肠扭转，但可能会出现十二指肠梗阻，导致患者出现反复呕吐、腹胀的症状，此类孩子的营养状况较差，生长、发育较迟缓。因此，对于先天性肠旋转不良的患儿，应早期诊断并早期进行手术。