乳腺癌的免疫组化标记大致分为以下四类：

1、鉴别肿瘤来源：因为乳腺里有小叶，如果是导管来源的肿瘤称为导管癌，选用E-钙黏附蛋白会阳性，P120会是细胞膜阳性；如果是小叶来源的肿瘤，也会选用这两种抗体，小叶来源肿瘤E-钙时为阴性，P120是细胞浆阳性，等于是肿瘤细胞来源标记；

2、导管良恶性肿瘤鉴别：通常选用肌上皮特异性标志物，比如CD40、CD10、SMA、P63、Calponin等；如果是导管内肿瘤，通常导管上皮的肌上皮不会缺失，标记阳性。如果导管外的有浸润性癌，此肌上皮会缺失，表达为阴性；

3、药物靶向治疗：ER、PR、HER-2，临床最多见的就这三种；如果是ER、PR阳性，可以采取内分泌治疗；如果是HER-2阳性HER-2过表达，可以采用药物靶向治疗Herceptin；如果是这三者都阴性，表明病人预后较差，没有特异性治疗方式；

4、预后相关标志物：常见的有Ki-67、P53、PCNA、Bcl-2等，也是对肿瘤的预后一种指导。