滴虫性尿道炎用奥硝唑、替硝唑，这类治疗滴虫性尿道炎的药物比较好。还可以用一些中成药，包括清淋颗粒、泌淋胶囊，还有紫苓胶囊等，这些中成药也有清热利尿、减轻尿路疼痛不适的症状。
奥硝唑、替硝唑是治疗厌氧菌，治疗滴虫型尿道炎最常用，也是最有效的药物。服用这些药物以后要多喝水，通过药物的作用、多喝水，增加尿量，减轻各种细菌在尿液中的浓度，尿道炎才能更快恢复。大量的尿液也可以冲洗尿道，使尿道中细菌存留减少，炎症能更快消散。
有滴虫性尿道炎的患者，还要注意保持会阴部的清洁卫生，经常清洗干净，保持局部的清洁。有滴虫性尿道炎的时候，尽量减少性生活，减少因为滴虫性阴道炎、尿道炎相互感染、相互污染，引起相互促进的炎症。
