卵巢囊肿一般不会影响生育，特别对于单纯性的小囊肿，可以自然怀孕。对于特殊类型或特别大的囊肿，可能会影响妊娠。因特别大的囊肿，会破坏卵巢功能，改变输卵管结构，从而导致不孕。

还有一种特殊类型的囊肿，称为巧克力囊肿，也称内膜异位囊肿，也有可能导致不孕。对于内膜异位症的患者，40%可能会出现不孕，其会影响排卵，也可能会导致盆腔粘连，导致输卵管功能异常，从而导致不孕。但并非所有的内膜异位症都不能自然怀孕，如较小的巧克力囊肿也可以自然受孕。所以卵巢囊肿不必过于忧虑，需明确其性质、大小，综合分析。