补脾益肠丸的作用主要是补中益气，健脾和胃，涩肠止泻。主要治疗脾胃虚弱所造成的背痛、腹痛、腹胀、腹泻、肠鸣以及黏液脓血便和脾胃虚弱造成的大便秘结。补脾益肠丸是补中益气，补中益气也就是脾胃所在的位置，健脾和胃。

脾虚、胃虚造成的症状是由它来通过健运脾气和胃降逆来达到。另外还有能涩肠止泻，也就是治疗腹泻、黏液脓血便，通过收涩来达到止泻的目的。