对于肚子串气疼，通常可以给予解痉治疗和调节胃肠道功能的药物，若疼得比较厉害，可以吃解痉药物。
除此之外，还可以补充益生菌，如乳酸杆菌、双歧杆菌等，从而可以调节肠道功能，纠正肠道的菌群失调。在饮食上，可以每天坚持喝一杯酸奶，都对肠道的菌群生态调整有好处。
肚子串气疼通常都由于肠功能紊乱所引起，即自主神经功能紊乱所引起。经过上述措施的调理、治疗，通常1-2个月会有所好转或痊愈。若未有好转，则需要去医院挂胃肠外科、结直肠外科或消化内科来检查腹腔脏器有无病变。
尤其是肠管，如小肠有无炎症性病变、克罗恩病、肠炎，或是结直肠有无息肉、腺瘤或肿瘤性疾病等。若有，则要做相应的规范化治疗。
