结肠息肉手术方式与结肠息肉的大小以及结肠息肉的蒂有关，大多数小的、体积在2cm以下的息肉一般都可以通过内镜简单操作将其摘除。相对比较大的，甚至体积在3-5cm以上的息肉，需要在肠镜特殊器械配合下进行EST黏膜下切除，可以将息肉从黏膜上剥除。

对于大部分的良性息肉，在有经验的内镜中心，都能够通过内镜的特殊操作将其完整切除。如果切除的息肉病理报告呈恶性，可能需要外科医生追加外科手术，即进行肿瘤的根治性手术。