宫颈癌四价疫苗应用安全性较受肯定，多数患者注射宫颈癌四价疫苗后，并不会有任何临床症状及不适。但少数患者可能会出现影响，症状如下：
1、局部症状：部分患者在注射局部可出现皮疹、硬结，可伴有轻微压痛。多数局部不良反应无需过于担心，随时间延长，很快可自然消失；
2、全身症状：部分患者注射宫颈癌四价疫苗后，可能出现全身反应，如发热、寒战、咳嗽、皮疹等，严重时患者可出现需要医学救治的过敏反应。但大部分患者注射宫颈癌疫苗后，并无非常明显的临床不适症状。
除此之外，宫颈癌四价疫苗针对两种高危亚型HPV16和HPV18，以及两种低危亚型HPV6和HPV11导致的相应疾病。四价疫苗能够预防大约70%的宫颈癌，不能预防所有宫颈癌的发生。因为没有针对所有高危亚型的人乳头瘤病毒，所以对于高危亚型人乳头瘤病毒的受限，决定未来依然有可能会发生宫颈癌以及癌前病变。因为宫颈癌四价疫苗所针对的两种低危亚型HPV6和HPV11是导致尖锐湿疣发生的较常见病因，在注射四价疫苗后，能够预防多数尖锐湿疣的发生。因此在未来仍需要定时进行宫颈癌筛查，不能因为注射四价疫苗，完全否认有患宫颈癌及癌前病变的风险。
