胆管空肠手术后可能会存在后遗症。正常情况下，十二指肠乳头是单向阀门，胆道中的胆汁可从胆管流到肠道，但是肠道中食物渣、胃肠液等无法反向流到胆道。而如果进行胆肠吻合，十二指肠乳头可能变成双向阀门，胆汁可流到肠道，肠道内容物也可反流到胆管，产生相对比较常见的并发症，即逆行性感染。

如果肠道中部分内容物、细菌逆行进入胆道，可引起患者发烧、黄疸。此外，部分患者因为胆管狭窄导致胆道畸形扩张，也可能会出现黄疸。