急性结膜炎痊愈的时间，取决于引起结膜炎的病原体以及自身的抵抗力。如细菌性结膜炎，如果找到有效的抗生素眼药水或应用的广谱抗生素眼药水，针对致病细菌比较敏感，可能1-2周结膜炎症状即可缓解。如果属于病毒性结膜炎，即便不用药2周左右也能自行好转，但用药以后症状会减轻，可以改善患者不适的症状，同时也可以减少对角膜的损伤。

如果结膜感染的病原体是衣原体或支原体甚至是真菌，诊断及治疗较困难。只有感染后出现较多体征，才能判定属于较为严重的病原体所致的结膜炎，甚至多数情况下侵犯角膜以后，才明确并非普通结膜炎。目前针对支原体、衣原体、真菌等敏感的抗生素相对较少，可能出现病情迁延不愈，通常会用广谱抗生素眼药水与抗病毒的眼药水平点，同时建议患者锻炼身体，增加抵抗力，体质较好的情况下有助于促进结膜炎恢复。