确诊手足口病，一般要综合流行病学、临床表现以及实验室检查三方面的信息，最后进行综合判断确定。具体方式如下：

1、流行病学史：如果患儿有过手足口病患者的接触史，对于支持手足口病的诊断起到较为重要的作用；

2、临床表现：通常手足口病的患者临床具有比较有特征性的表现，一般会出现口腔的皮疹、斑丘疹，会逐步向躯干以及四肢扩散。典型的手足口病可以出现手，足以及口部的斑丘疹或者出现疱疹。另外部分孩子可以引起并发症，导致重症的手足口病出现，比如引起心肌炎、肺炎或者合并有脑膜炎等。结合这些典型的临床表现，临床中可以帮助诊断是否患有手足口病，但是此病的确诊需要依赖病原学的检查；

3、病原学的检测：可以通过检测柯萨奇病毒、ECHO病毒以及EV71型病毒的抗体进行检测，也可以通过基因的测序进行序列测定，确定是否由病毒感染导致发病。也可以通过PCR的检测，进行一段序列的核酸检测，这种方法也可以帮助确诊手足口病。