细菌内毒素和外毒素的区别，在于它们的来源、释放方式、化学组成、稳定性和抗原、毒性作用等都不同。

1、来源：外毒素来源于革兰氏阳性菌和少数的革兰氏阴性菌，而内毒素来源于革兰氏阴性菌；

2、释放方式：外毒素由活细菌释放至细菌体外，内毒素为细菌细胞壁结构的成分，在细菌崩解之后才会释放；

3、化学组成：外毒素主要是蛋白质成分，而内毒素主要是磷脂、多糖、蛋白质复合物；

4、稳定性和抗原性：外毒素不稳定，60℃以上能迅速被破坏，抗原性强；而内毒素比较耐热，60℃耐受可以达到数小时，但是抗原性比较；

5、毒性作用：外毒素的毒性强，即使是微量即可以对实验动物有致死的作用，各种外毒素有选择作用，可以引起特殊的改变，抑制蛋白质的合成，具有细胞毒性、神经毒性等。内毒素毒性比较弱，对实验动物致死的作用量比外毒素要大，各种细菌内毒素的毒性作用大致相同，可以引起发热、弥散性血管内凝血等。