儿童感染肺炎支原体以后，根据体质和感染程度，病情有轻有重。轻者可仅表现为上呼吸道感染，像感冒一样，但也可以非常严重。轻者从上呼吸道逐渐到气管、支气管，严重者可引起肺炎，甚至合并肺不张、肺实变、胸膜改变，以及肺外改变等。

常见除了引起支原体肺炎之外，可能还会引起心脏、肝脏、肾脏、神经、血液系统等受累。心脏可能会因支原体感染引起心肌炎、心功能不全，神经系统还会引起支原体脑炎，与一般感染性脑炎一样，也可以引起肝功能异常，甚至支原体感染肾脏引起血尿、蛋白尿等。