子宫内膜异位症是否严重因人而异，若症状较轻可能仅表现为卵巢子宫内膜异位囊肿。此时子宫内膜会异位到子宫肌层导致子宫腺肌瘤或子宫腺肌病，但可能不会出现明显的临床症状，更不会因为子宫内膜异位症而影响日常的生活、工作，定期观察并及时给予治疗即可。
但在临床上也存在较严重的子宫内膜异位症，甚至卵巢部位反复破裂，此时卵巢的子宫内膜异位症囊肿被称为巧克力囊肿。反复破口以及内容物流出会造成周围组织的粘连，严重时可能会导致不孕症以及反复发作的痛经。若盆腔子宫内膜异位症导致盆腔广泛粘连，此时解剖结构的异常会使输卵管蠕动受到障碍而造成卵巢排卵无法被输卵管所捡拾，未来则可能会导致不孕症的发生。此外，部分女性可能会发生较严重的子宫腺肌病，并且盆腔的子宫内膜异位症会导致痛经逐年加重，同样较为严重。
