小儿疱疹性咽峡炎没有特效抗病毒药物，疱疹性咽峡炎24-48小时之内，给予干扰素进行雾化吸入，或者口腔喷干扰素，能够较快将疱疹病毒抑制住，起到良好效果。

疱疹性咽峡炎主要采取对症治疗：一方面注意口腔卫生，多喝水、勤漱口，饮食方面尽量食用流质饮食、清淡饮食，偏甜食、少吃咸食，疱疹在口腔会破溃，形成溃疡面，进食含盐份的食物，会刺激疼痛加重。另一方面有发热、勤测体温，超过38.5℃以上，口服布洛芬、对乙酰氨基酚等药物；不超过38.5℃，尽量选择物理降温，多喝水、贴退热贴、温水擦拭、洗温水澡等。

疱疹性咽峡炎合并中毒性脑病，需要给予甘露醇降低颅内压；合并中毒性心肌炎，或者合并心衰，需要及时给予抗心衰等治疗。