疱疹性咽峡炎多数是病毒感染造成，小孩比较多见，成年人比较少。患者通常是出现咽痛，咽部有疱疹等现象。多数病人开始时抗病毒治疗，3天以后如果合并感染采用抗生素。一般正常情况下，7天能够痊愈。如果出现全身的症状，全身起皮疹、高烧等，这些情况可能病程会延长。
所以病程一般在4-6天，但是严重的情况可以达到2周，同时疱疹性咽峡炎有传染的倾向，所以要如果病人出现很严重的感染，同时咽部剧痛，发现咽部有疱疹等要立即到医院就诊，尤其小孩容易引起严重的并发症。