临床上C1q升高大多数见于肿瘤、感染以及自身免疫病，当免疫复合物产生的时候会使得C1q升高激活C1q。另外，C1q降低也可以见一些肝病，因为补体是在肝细胞里面产生，所以临床上要检测多种补体成分，包括C3、C4、C1q、C2s以及CIC等。通过检测补体活性，诊断自身免疫病以及补体的缺乏病，以及对其他感染做出明确诊断。
实际上这种检查临床上相对比较少，补体分为多种成分，其中补体C1又分为C1q、C1r、C1s，而补体的产生跟很多疾病有关系，比如免疫复合物的产生，会激活补体，消耗固体，而激活补体有几个不同的途径，其中一个途径是先激活C1，然后激活C4、C2、C3，而C1q是其中的主要成分。
