如果患者阴茎上方、小腹下方疼痛，常见原因如下：

1、慢性前列腺炎：为常见原因，由于感染性致病菌刺激前列腺部尿道黏膜，导致黏膜水肿、糜烂，引起前列腺腺体炎性肿大。前列腺腺体炎性肿大后会引起膀胱颈部感染，当膀胱颈部发炎时，患者会出现耻骨上方、膀胱区隐痛或坠胀不适症状，即阴茎上方与下腹部疼痛；

2、膀胱结石：患者出现膀胱结石时，会出现下腹部膀胱区疼痛症状，通常伴有体位性排尿困难症状，部分患者还会出现膀胱颈出口局部疼痛症状。

因此，患者应及时到泌尿外科就诊，通过泌尿系彩超检查可发现是否存在前列腺炎、膀胱结石，引起膀胱出口改变等情况。